Indoleacetaldehyde (YMDB00354)
Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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YMDB ID | YMDB00354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name | Indoleacetaldehyde | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Saccharomyces cerevisiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strain | Baker's yeast | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Indoleacetaldehyde, also known as tryptaldehyde, belongs to the class of organic compounds known as 3-alkylindoles. 3-alkylindoles are compounds containing an indole moiety that carries an alkyl chain at the 3-position. Indoleacetaldehyde is an extremely weak basic (essentially neutral) compound (based on its pKa). Indoleacetaldehyde exists in all living species, ranging from bacteria to humans. Within yeast, indoleacetaldehyde participates in a number of enzymatic reactions. In particular, indoleacetaldehyde can be biosynthesized from indole-3-pyruvate; which is catalyzed by the enzyme pyruvate decarboxylase. In addition, indoleacetaldehyde can be converted into tryptophol through its interaction with the enzyme alcohol dehydrogenase. In yeast, indoleacetaldehyde is involved in the metabolic pathway called the tryptophan metabolism pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms |
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CAS number | 2591-98-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Weight | Average: 159.1846 Monoisotopic: 159.068413915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key | WHOOUMGHGSPMGR-UHFFFAOYSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI | InChI=1S/C10H9NO/c12-6-5-8-7-11-10-4-2-1-3-9(8)10/h1-4,6-7,11H,5H2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name | 2-(1H-indol-3-yl)acetaldehyde | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional IUPAC Name | indole-3-acetaldehyde | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Formula | C10H9NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES | [H]N1C([H])=C(C2=C1C([H])=C([H])C([H])=C2[H])C([H])([H])C([H])=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | belongs to the class of organic compounds known as 3-alkylindoles. 3-alkylindoles are compounds containing an indole moiety that carries an alkyl chain at the 3-position. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Organoheterocyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Indoles and derivatives | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Indoles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | 3-alkylindoles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Substituents |
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Molecular Framework | Aromatic heteropolycyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors |
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Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Charge | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Melting point | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Properties |
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Predicted Properties |
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations |
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Organoleptic Properties | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMPDB Pathways |
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KEGG Pathways |
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SMPDB Reactions |
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KEGG Reactions |
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Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Intracellular Concentrations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Extracellular Concentrations | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra |
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References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References: |
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Synthesis Reference: | Gray, Reed A. Preparation and properties of 3-indoleacetaldehyde. Archives of Biochemistry and Biophysics (1959), 81 480-8. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links: |
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Enzymes
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- An alcohol + NAD(+) = an aldehyde or ketone + NADH
- Gene Name:
- ADH3
- Uniprot ID:
- P07246
- Molecular weight:
- 40369.19922
Reactions
An alcohol + NAD(+) → an aldehyde or ketone + NADH. |
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- Oxidizes long-chain alcohols and, in the presence of glutathione, is able to oxidize formaldehyde. Is responsible for yeast resistance to formaldehyde
- Gene Name:
- SFA1
- Uniprot ID:
- P32771
- Molecular weight:
- 41041.69922
Reactions
S-(hydroxymethyl)glutathione + NAD(P)(+) → S-formylglutathione + NAD(P)H. |
An alcohol + NAD(+) → an aldehyde or ketone + NADH. |
- General function:
- Involved in oxidoreductase activity
- Specific function:
- An aldehyde + NAD(+) + H(2)O = an acid + NADH
- Gene Name:
- ALD4
- Uniprot ID:
- P46367
- Molecular weight:
- 56723.19922
Reactions
An aldehyde + NAD(+) + H(2)O → an acid + NADH. |
- General function:
- Involved in magnesium ion binding
- Specific function:
- Second most abundant of three pyruvate decarboxylases (PDC1, PDC5, PDC6) implicated in the nonoxidative conversion of pyruvate to acetaldehyde and carbon dioxide during alcoholic fermentation. Most of the produced acetaldehyde is subsequently reduced to ethanol, but some is required for cytosolic acetyl-CoA production for biosynthetic pathways. The enzyme is also one of five 2-oxo acid decarboxylases (PDC1, PDC5, PDC6, ARO10, and THI3) able to decarboxylate more complex 2-oxo acids (alpha-keto-acids) than pyruvate, which seem mainly involved in amino acid catabolism. Here the enzyme catalyzes the decarboxylation of amino acids, which, in a first step, have been transaminated to the corresponding 2-oxo acids. In a third step, the resulting aldehydes are reduced to alcohols, collectively referred to as fusel oils or alcohols. Its preferred substrates are the transaminated amino acids valine, isoleucine, phenylalanine, and tryptophan, whereas leucine is no substrate. In a side-reaction the carbanionic intermediate (or active aldehyde) generated by decarboxylation or by activation of an aldehyde can react with an aldehyde via condensation (or carboligation) yielding a 2-hydroxy ketone, collectively called acyloins
- Gene Name:
- PDC5
- Uniprot ID:
- P16467
- Molecular weight:
- 61911.60156
Reactions
A 2-oxo acid → an aldehyde + CO(2). |
3-(indol-3-yl)pyruvate → 2-(indol-3-yl)acetaldehyde + CO(2). |
Phenylpyruvate → phenylacetaldehyde + CO(2). |
Pyruvate → Acetaldehyde + CO(2). |
A 2-oxo acid + an aldehyde → A 2-hydroxy ketone + CO(2). |
An aldehyde + an aldehyde → A 2-hydroxy ketone. |
- General function:
- Involved in magnesium ion binding
- Specific function:
- Minor of three pyruvate decarboxylases (PDC1, PDC5, PDC6) implicated in the nonoxidative conversion of pyruvate to acetaldehyde and carbon dioxide during alcoholic fermentation. Most of the produced acetaldehyde is subsequently reduced to ethanol, but some is required for cytosolic acetyl-CoA production for biosynthetic pathways. The enzyme is also one of five 2-oxo acid decarboxylases (PDC1, PDC5, PDC6, ARO10, and THI3) able to decarboxylate more complex 2-oxo acids (alpha-keto-acids) than pyruvate, which seem mainly involved in amino acid catabolism. Here the enzyme catalyzes the decarboxylation of amino acids, which, in a first step, have been transaminated to the corresponding 2-oxo acids. In a third step, the resulting aldehydes are reduced to alcohols, collectively referred to as fusel oils or alcohols. Its preferred substrates are the transaminated amino acids valine, isoleucine, phenylalanine, and tryptophan, whereas leucine is no substrate. In a side-reaction the carbanionic intermediate (or active aldehyde) generated by decarboxylation or by activation of an aldehyde can react with an aldehyde via condensation (or carboligation) yielding a 2-hydroxy ketone, collectively called acyloins. The expression level of this protein in the presence of fermentable carbon sources is so low that it can not compensate for the other two pyruvate decarboxylases to sustain fermentation
- Gene Name:
- PDC6
- Uniprot ID:
- P26263
- Molecular weight:
- 61579.89844
Reactions
A 2-oxo acid → an aldehyde + CO(2). |
3-(indol-3-yl)pyruvate → 2-(indol-3-yl)acetaldehyde + CO(2). |
Phenylpyruvate → phenylacetaldehyde + CO(2). |
Pyruvate → Acetaldehyde + CO(2). |
A 2-oxo acid + an aldehyde → A 2-hydroxy ketone + CO(2). |
An aldehyde + an aldehyde → A 2-hydroxy ketone. |
- General function:
- Involved in oxidoreductase activity
- Specific function:
- An aldehyde + NAD(+) + H(2)O = an acid + NADH
- Gene Name:
- ALD6
- Uniprot ID:
- P54115
- Molecular weight:
- 54413.69922
Reactions
An aldehyde + NAD(+) + H(2)O → an acid + NADH. |
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- This isozyme preferentially catalyzes the conversion of primary unbranched alcohols to their corresponding aldehydes. Also also shows activity toward secondary alcohols
- Gene Name:
- ADH1
- Uniprot ID:
- P00330
- Molecular weight:
- 36849.0
Reactions
An alcohol + NAD(+) → an aldehyde or ketone + NADH. |
- General function:
- Involved in oxidoreductase activity
- Specific function:
- Minor mitochondrial aldehyde dehydrogenase isoform. Plays a role in regulation or biosynthesis of electron transport chain components. Involved in the biosynthesis of acetate during anaerobic growth on glucose
- Gene Name:
- ALD5
- Uniprot ID:
- P40047
- Molecular weight:
- 56620.39844
Reactions
An aldehyde + NAD(+) + H(2)O → an acid + NADH. |
An aldehyde + NADP(+) + H(2)O → an acid + NADPH. |
- General function:
- Involved in oxidoreductase activity
- Specific function:
- Reduces acetaldehyde to ethanol during glucose fermentation. Specific for ethanol. Shows drastically reduced activity towards primary alcohols from 4 carbon atoms upward. Isomers of aliphatic alcohol, as well as secondary alcohols and glycerol are not used at all
- Gene Name:
- ADH4
- Uniprot ID:
- P10127
- Molecular weight:
- 41141.69922
Reactions
An alcohol + NAD(+) → an aldehyde or ketone + NADH. |
- General function:
- Involved in magnesium ion binding
- Specific function:
- Major of three pyruvate decarboxylases (PDC1, PDC5, PDC6) implicated in the nonoxidative conversion of pyruvate to acetaldehyde and carbon dioxide during alcoholic fermentation. Most of the produced acetaldehyde is subsequently reduced to ethanol, but some is required for cytosolic acetyl-CoA production for biosynthetic pathways. The enzyme is also one of five 2-oxo acid decarboxylases (PDC1, PDC5, PDC6, ARO10, and THI3) able to decarboxylate more complex 2-oxo acids (alpha-ketoacids) than pyruvate, which seem mainly involved in amino acid catabolism. Here the enzyme catalyzes the decarboxylation of amino acids, which, in a first step, have been transaminated to the corresponding 2-oxo acids. In a third step, the resulting aldehydes are reduced to alcohols, collectively referred to as fusel oils or alcohols. Its preferred substrates are the transaminated amino acids valine, isoleucine, phenylalanine, and tryptophan, whereas leucine is no substrate. In a side-reaction the carbanionic intermediate (or active aldehyde) generated by decarboxylation or by activation of an aldehyde can react with an aldehyde via condensation (or carboligation) yielding a 2-hydroxy ketone, collectively called acyloins
- Gene Name:
- PDC1
- Uniprot ID:
- P06169
- Molecular weight:
- 61494.89844
Reactions
A 2-oxo acid → an aldehyde + CO(2). |
3-(indol-3-yl)pyruvate → 2-(indol-3-yl)acetaldehyde + CO(2). |
Phenylpyruvate → phenylacetaldehyde + CO(2). |
Pyruvate → Acetaldehyde + CO(2). |
A 2-oxo acid + an aldehyde → A 2-hydroxy ketone + CO(2). |
An aldehyde + an aldehyde → A 2-hydroxy ketone. |
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- An alcohol + NAD(+) = an aldehyde or ketone + NADH
- Gene Name:
- ADH5
- Uniprot ID:
- P38113
- Molecular weight:
- 37647.89844
Reactions
An alcohol + NAD(+) → an aldehyde or ketone + NADH. |
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- This isozyme preferentially catalyzes the conversion of ethanol to acetaldehyde. Acts on a variety of primary unbranched aliphatic alcohols
- Gene Name:
- ADH2
- Uniprot ID:
- P00331
- Molecular weight:
- 36731.60156
Reactions
An alcohol + NAD(+) → an aldehyde or ketone + NADH. |
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- NADP-dependent alcohol dehydrogenase with a broad substrate specificity
- Gene Name:
- ADH7
- Uniprot ID:
- P25377
- Molecular weight:
- 39348.19922
Reactions
An alcohol + NADP(+) → an aldehyde + NADPH. |
- General function:
- Involved in magnesium ion binding
- Specific function:
- One of five 2-oxo acid decarboxylases (PDC1, PDC5, PDC6, ARO10, and THI3) involved in amino acid catabolism. The enzyme catalyzes the decarboxylation of amino acids, which, in a first step, have been transaminated to the corresponding 2-oxo acids (alpha-keto-acids). In a third step, the resulting aldehydes are reduced to alcohols, collectively referred to as fusel oils or alcohols. Its preferred substrates are the transaminated amino acids, phenylalanine, tryptophan, (and probably tyrosine), but also isoleucine, whereas leucine is a low efficiency and valine and pyruvate are no substrates. In analogy to the pyruvate decarboxylases the enzyme may in a side-reaction catalyze condensation (or carboligation) reactions leading to the formation of 2-hydroxy ketone, collectively called acyloins
- Gene Name:
- ARO10
- Uniprot ID:
- Q06408
- Molecular weight:
- 71383.79688
Reactions
A 2-oxo acid → an aldehyde + CO(2). |
Phenylpyruvate → phenylacetaldehyde + CO(2). |
3-(indol-3-yl)pyruvate → 2-(indol-3-yl)acetaldehyde + CO(2). |
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- NADP-dependent alcohol dehydrogenase with a broad substrate specificity
- Gene Name:
- ADH6
- Uniprot ID:
- Q04894
- Molecular weight:
- 39617.30078
Reactions
An alcohol + NADP(+) → an aldehyde + NADPH. |